La mission principale de la FNIM est de défendre les intérêts de ses adhérents, des entreprises mutualistes. Cela implique :
 de protéger le pluralisme mutualiste en favorisant le développement de ses adhérents ;
 de ne jamais être en concurrence avec ses propres membres ;
 de toujours prendre des positions dans l´intérêt direct de ses adhérents.

Cette "philosophie" se retrouve dans l´esprit qui préside à l´organisation interne de la FNIM et facilite la définition, l´expression et l´efficacité de l´action de la Fédération. Elle se manifeste aussi par l´entière liberté laissée aux mutuelles adhérentes, dans les aspects "théoriques" comme "pratiques" de la FNIM.