La préservation de la biodiversité fait partie des préoccupations majeures du système Fairtrade / Max Havelaar, qui défend une agriculture respectueuse de l’homme et de son environnement et cela passe, bien entendu, par des pratiques agricoles plus durables.

D’un point de vue général, les effets de l’agriculture sur la biodiversité sont divers. Elle influe sur la diversité des espèces de plantes et d’animaux dans le monde à travers la domestication de certaines espèces. Elle a aussi des impacts écologiques dus à l’utilisation de pesticides et d’engrais chimiques, elle participe à la production de gaz à effet de serre, conséquence de la combustion de carburants fossiles. Inversement la biodiversité affecte grandement l’activité agricole, qui est l’une des activités humaines les plus dépendantes des ressources naturelles, notamment l’eau et les éléments contenus dans les sols.