La FNCS est déclarée, par les autorités compétentes, représentative des centres de santé. A ce titre ses adhérents siègent dans les instances de négociations conventionnelles auprès de l’Assurance Maladie et du Ministère des solidarités et de la santé. La FNCS constitue une force de proposition et de négociation reconnue pour défendre au mieux les intérêts des centres de santé.