Uniquement financés par leurs « clients », en l’occurrence ceux qu’ils labellisent, les organismes officiels de certification comme Ecocert ou Qualité France sont souvent interrogés sur leur indépendance. L’obligation de confidentialité des dossiers apporte de l’eau aux moulins des sceptiques. L’activité de ces entreprises est pourtant encadrée par les pouvoirs publics et la législation.

Le dernier article de la rubrique "Passage à l’acte" du site Rue89.com, animé par les journalistes de Reporters d’Espoirs et soutenu par la Crédit Coopératif, pose la question d’une labellisation inversée pour sanctionner les producteurs non bio.